يذكر التاريخ أن الخليفة الحاكم بأمر الله الخليفة الفاطمى فى نهاية القرن العاشرالميلادى وافق لطائفة الأروام ( الروم الأرثوذكس ) أن يقوموا بإقامة شعائرهم الدينية فى كنيسة قصرية الريحان ، لأن أمه كانت منهم ، إلا أن الأقباط إستردوا الكنيسة بعد إنتهاء حكم الخليفة الحاكم بأمر الله،وكان مدخل الكنيسة فى المكان غرب الكنيسة حيث كان هذا المكان يسمى "قاعة وصل" لأنها كانت تصل بين الكنيسة وبين أملاك طائفة الروم الأرثوذكس المحيطة بالكنيسة من الجهة البحرية والغربية حتى يومنا هذا . وظل تنازع ملكية الكنيسة بين الطائفتين إلى أن إستقرت تماماً للأقباط الأرثوذكس فى القرن الثامن عشر وإلى يومنا هذا . وقد تناوبت عليها الترميمات والتجديدات من القرن الخامس حتى تاريخ الحريق الذى دمر الكنيسة بالكامل فى 19 /3/ 1979،وجارى حالياً إعادة بناء الكنيسة لتأخذ شكلها الأول الذى تميزت به.